คณะวิทยาการจัดการและสารสนเทศศาสตร์ มหาวิทยาลัยพะเยา เดิมเป็น 2 สาขาวิชาในสังกัดสำนักวิชาศิลปศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร วิทยาเขตสารสนเทศพะเยา ได้แก่ สาขาวิชาการจัดการธุรกิจ และสาขาวิชาการบัญชี ต่อมาวันที่ 28 มีนาคม พ.ศ. 2547 ได้มีคำสั่งมหาวิทยาลัยนเรศวร วิทยาเขตสารสนเทศพะเยา ที่ 040/2546 ให้แยกออกมาจัดตั้งเป็นกลุ่มวิชาวิทยาการจัดการและสารสนเทศศาสตร์ และเปลี่ยนชื่อเป็นสำนักวิชาวิทยาการจัดการและสารสนเทศศาสตร์ เมื่อ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2547[1]

ต่อมา มหาวิทยาลัยนเรศวร วิทยาเขตสารสนเทศพะเยา ได้เปลี่ยนชื่อเป็น มหาวิทยาลัยนเรศวร พะเยา เมื่อวันที่ 21 กรกฎาคม พ.ศ. 2550 และได้รับการยกฐานะเป็นมหาวิทยาลัยพะเยา เมื่อวันที่ 17 กรกฎาคม พ.ศ. 2553[2] สำนักวิชาวิทยาการจัดการและสารสนเทศศาสตร์ จึงได้เปลี่ยนเป็นคณะวิทยาการจัดการและสารสนเทศศาสตร์ เมื่อวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2553 เป็นต้นมา[3]